創造神“祭礼の蛇”の神威召還により、新世界ザナドゥが誕生した。シャナたちによる自在式「人間を喰らわずの理」を織り込んだまま。そして、戦闘は終息へ向かい、多くの“徒”が新世界へと、それを追うフレイムヘイズもまたこの世から旅立って行く。しかし、『二人』の戦いは終わっていなかった。御崎大橋に、シュドナイを引き連れた悠二が。そして、その眼前にはシャナが。一人の少年と一人の少女、二人の想いが解き放たれ、そしてぶつかり合う。